1994 kom Granitt, en bredt anlagt slektsroman med utgangspunkt i steinhoggermiljøet ved Iddefjorden fra 1850- til 1930-årene, og med forfatterens egen oldefar som modell for hovedpersonen. To år senere vakte Brekke oppsikt med Ibsens røde lykt, en uortodoks roman hvor legen og terapeuten Gunilla tar i bruk datasimulering som behandlingsteknikk overfor seksualavvikere. I thrilleren Ryddet av veien (1997) er handlingen lagt til tropeøya Mauritius i Indiske hav, mens hovedbudskapet er forfatterens kritikk av britisk kolonipolitikk. Romanen, Aske (1999) er et oppgjør med kommunismen som ideologi. I 2001 befestet hun sin posisjon som historisk romanforfatter med "Sara", og i 2002 utgav hun "Paal Brekke. En kunstner. Et liv", biografien om faren. Med "Brostein" (2003) og "Bergskatt" (2004) videreførte hun sitt historiske romanforfatterskap, og med "Drømmen om Amerika" (2006), "Gullrush" (2008) og "Det lovede landet" (2010) skrev hun nye, store utvandrerberetningen. Hun har også gitt ut "En blå kjole for herr Hitler" (2012) og slektsromanen "Marmor" (2014). Den vakre og såre oppvekstsromanen "Alle elsket moren din" (2017) er første bind i en trilogi. "Kobrahjerte", andre bok i trilogien, kom våren 2019, og den tredje våren 2020.

Toril Brekke har også utgitt novellesamlingene Jakarandablomsten, et knippe historier fra Afrika, Blindramme og Enkenes paradis, foruten flere bøker for barn og ungdom, bl.a. Gutten i regnet, Mannen som hatet fotball, Den hemmelige tvillingen, Fiolette trekroner og Roser fra tribunene. Sammen med Bernt Hagtvet og Peter Normann Waage utgav hun 1994 debattboken Den farlige ytringsfriheten. Bøkene hennes er oversatt til åtte språk.

Brekke har innehatt en rekke ulike verv i forfatterorganisasjoner og andre deler av norsk kulturliv. Hun var leder i Nordnorsk Forfatterlag 1979–80, formann i Den norske Forfatterforening 1987–91 og i den norske P.E.N.-klubben 1992–97. I hennes formannstid i Forfatterforeningen vant forfatterne frem med sine krav overfor forlagene om høyere royalty for skjønnlitteratur og bedre betingelser når bøkene utgis i billigutgaver. Brekke satt i styret for Nationaltheatret 1990–92 og i den norske Nasjonalkommisjonen for UNESCO 1996–97, og var medlem av Det sakkyndige råd for opphavsrett og åndsverk 1992–97.